О XII и XIV династий известно только множество имен царей, сменявших друг друга. Во времена их правления Египет совсем ослаб. Конечно в этот период не велись строительные работы, не создавались памятники искусства. Воспользовавшись таким положением дел в стране, в Египет вторглись иноземцы, которых египтяне называли чужеземными правителями, а Манефон — гиксосами (досл. «цари-пастухи»).
Один еврейский историк - Иосиф Флавий писал: « Был царь у нас по имени Тимай ; при нем, не знаю почему, бог разгневался, и неожиданно люди из частей, расположенных к востоку, неизвестные по происхождению, расхрабрившись, вторглись в страну и легко без боя захватили всю ее силой. И, подчинив правивших в ней, они в остальном жестоко пожгли города и разрушили святилища богов; по отношению же ко всем туземцам они вели себя враждебнейшим образом, убивая одних, у других же и детей и жен уводя в рабство. Наконец же и царем сделали одного из своей среды, которому имя было Салатис. И он находился в Мемфисе, собирая дань и с верхней и с нижней страны и оставив охрану в наиболее подходящих местах. Более же всего он укрепил части, расположенные к востоку, предвидя, что у ассирийцев, тогда более, чем другие, сильных, будет желание вторгнуться в это царство. Найдя же в Сетроитском номе город, наиболее подходящий для него, лежащий к востоку от реки Бубастита, названный же от древней религиозной традиции Аварисом, заселил его и укрепил при помощи стен, поселив в него и множество тяжело вооруженных до 240 000 мужей для охраны. Туда он приходил летом, отчасти для выдачи хлеба и выплаты жалованья, отчасти чтобы заботливо упражнять вооруженных к опасности извне… Некоторые говорят, что они арабы».
Они опустошили дельту. Спустя 50 лет один из их вождей взошёл на египетский трон, став основателем новой династии. Гиксосы навсегда сохранились в памяти египтян как безжалостные тираны и разрушители. Им удалось захватить значительную часть Египта, за исключением района Фив, и добиться союза с нубийскими вождями, сбросившими египетское иго.
Фараоны XV и XVI династий происходили из гиксосов, утвердивших новую столицу в городе Аварис (егип. Хат-Урат, совр. Телль эль-Даба). Об их родственных отношениях известно немного, но существуют свидетельства, что между ними шла борьба за трон. Обе династии существовали одновременно и были современниками XVII династии фиванских фараонов, которых они так и не сумели подчинить. Памятники того периода немногочисленны, однако этой эпохой датируется большое число находок скарабеев — вырезанных из камня жуков с высеченными на них именами. Скарабеи служат основным источником сведений о фараонах XV и XVI династий.
Лишь в начале XVII в. до н.э. гиксосскому фараону Хиану удается установить контроль над всем Верхним Египтом. Но после его смерти Фивы вновь обретают независимость, и фиванские правители провозглашают себя фараонами (XVII династия). Последний ее представитель – Камес – подчиняет остальные верхнеегипетские номы и, несмотря на противодействие знати, начинает при поддержке рядовых воинов борьбу за изгнание гиксосов. Он совершает успешный поход в Дельту и принуждает их отступить к Аварису. Решающего перелома в войне с чужеземцами добивается брат и наследник Камеса Яхмос I: он одерживает несколько побед и захватывает после трехлетней осады Аварис. Изгнание гиксосов завершается взятием крепости Шарухен в южной Палестине ок. 1554 до н.э.