После смерти Амасиса, новым царем стал его сын Псамтек III (Псамметих). В это время Персия набрала силу и пошла по пути завоеваний. Персы вступили в Египет, овладели Мемфисом, и Камбис стал царем Египта. А Псамтека принудили на самоубийство. Он выпил из чаши с ядом и умер.
У Камбиса не было наследника. И на трон взошел самозванец, который выдавал себя за брата камбиса. После убийства самозванца, трон захватил другой перс - Дарий Великий. Он сразу же понял, что самый короткий и верный путь к процветанию Египта, это торговля. Сражу же Дарий приступает к его строительству. Он закончивает канал от Нила до Красного моря, начатый фараоном Нехо. Вот что Дарий о себе говорит: «Я – перс. Из Персии я завоевал Египет. Я приказал прорыть этот канал от реки Пирава (Нил), которая течет в Египте, до моря (Красного и Аравийского морей, воспринимавшихся как единый водный бассейн), которое простирается от Персии. Затем этот канал был прорыт, как я повелел, и корабли пошли из Египта через этот канал в Персию, так как была моя воля». Он занимается восстановлением храмов, строил дороги, открывал карьеры и, всеми способами поощряя торговлю, повысил уровень жизни.
Преемники Дария считали, что управлять Египтом – непростое дело, поскольку мятежники во главе с представителями старой царской линии причиняли серьезные неприятности. Согласно Манефону, руководители этих восстаний формируют XXVIII династию. Ни XVIII, ни XXIX династии не оставили особых следов, поскольку страну раздирала на части гражданская война. Персы были вовлечены в другие войны, и только к началу XXX династии они предприняли решительную попытку вернуть полный контроль над Египтом. В это время на трон взошел Нектанеб I (первый фараон XXX, последней коренной древнеегипетской династии), решительный человек и грамотный командир. Нектанеб укрепил все устье и построил заградительную систему в виде каналов и дамб. Огромная персидская армия обнаружила эту на первый взгляд непреодолимую преграду, но, обойдя ее, персы высадились у мендесского русла. Бои продолжались с переменным успехом, но, когда начался разлив Нила, персидской армии пришлось отступить, оставив на несколько лет Египет в покое. Два следующих правления отмечены непрерывной борьбой, продолжавшейся до победного вступления персов в страну. Последний коренной египетский царь Нектанеб II бежал в Эфиопию, оставив Египет на разграбление и разрушение жестоким и жадным повелителям. Персы вызывали такую сильную ненависть, что, когда Александр Великий победил их и овладел Персидской империей, Египет провозгласил его своим спасителем и воздал божественные почести.